A Igreja do Nazareno é produto das fusões de várias igrejas wesleyanas, associações e outras denominações cristãs surgidas no século XX. A mais proeminente destas fusões teve lugar nas chamadas Assembleias Gerais ocorridas em Chicago e em Pilot Point entre 1907 e 1908, que resultaram na criação da Igreja Pentecostal do Nazareno.
A primeira Assembleia Geral da Igreja do Nazareno ocorreu em Chicago entre 10 e 17 de outubro de 1907 e consistia em duas congregações distintas: a do Leste e a do Oeste americano. O grupo do Oeste constituía a igreja fundada em 1895 em Los Angeles por Phineas F. Bresee, um presbítero metodista e por Joseph Widney, um médico e dirigente da University of Southern California. O grupo do Leste estava associado às Igrejas Pentecostais. O nome escolhido para a denominação religiosa foi Igreja Pentecostal do Nazareno e Phineas Bresee e Hiram F. Reynolds foram eleitos os primeiros Superintendentes Gerais.
A segunda Assembleia Geral teve lugar em Pilot Point, no Texas. A Holiness Church of Christ, fundada em 1894, se fundiu com a Igreja Pentecostal do Nazareno e organizaram a assembleia em 13 de outubro de 1908, formulando a atual igreja. A nova Igreja do Nazareno começou com 10.034 membros, 228 congregações, 11 distritos e 19 missionários.